Bioconductor

In diesem zweitägigen Computerkurs lernen die Teilnehmer/Innen das Programm Bioconductor theoretisch und am Computer kennen. Der Kurs bietet eine Einführung in das Programm Bioconductor zur Analyse von genomischen Hochdurchsatzdaten.

Inhalte in Stichpunkten.

1. Installation und Einrichtung von R und der Bioconductor Software.
   Einführung in die Programmiersprache “R”
2. Auswertung von Microarrays von Affymetrix, Illumina, NimbleGen,
   Agilent und andere. Normalisierung, Clustering und Expressionsstudien
   Sequenzdatenauswertung
3. Import von Sequenzen einschließlich Trimming, Alignment und Qualitätsbewertung.
   ChIP-Seq und RNA-seq Auswertung
4. Annotation von Genen durch Zugriff auf GeneOntology, KEGG, NCBI und
   andere Datenbanken