Zu diesem Kurs können eigene Sequenzdaten zur Analyse mitgebracht werden. Grundkenntnisse bei der Verwendung des Internetbrowsers, der email und der Dateiverwaltung sind von Vorteil. Es werden Windows- und LINUX-Programme verwendet. Jeder Kursteilnehmer arbeitet an einem PC mit Internetanschluß. Inhaltsangabe in Stichpunkten:

• Rohdaten: Analyse der Rohdaten aus automatischen Sequenziermaschinen (Applied Biosystems) “Base calling”: Herauslesen der Basen aus den “trace”-Dateien, Bestimmung der Qualität der gelesenen Basen und manuelle Nachkontrolle. “Vector clipping”: Entfernen von Vektor- und Plasmidsequenzen, von Verunreinigungen durch prokaryontische Sequenzen oder durch monotone Oligomere. “Clustering”: Zusammenfassen von gleichartigen Sequenzen, Unterscheidung von Duplikaten, Allelen und Genfamilien. Bestimmung der Qualität der EST-Bank, aus der sequenziert wurde, Ermittlung der voraussichtlichen Anzahl verschiedener ESTs in der Datenbank, Vorhersage der Anzahl der “unique sequences” nach Sequenzierung weiterer ESTs.
• Herstellung von “Contigs”: Zusammenfassen verschiedener Einzelsequenzen zu einer gemeinsamen Konsensussequenz. Beschreibung verschiedener Sequenzierungsstrategien (“shot gun-sequencing”, “chromosome walk”).
• Zuordnung zu bekannten Zellfunktionen: Die automatische Zuordnung von Funktionen zu EST-Sequenzen, Vergleiche mit bekannten Genomen anderer Organismen.
• Stammbaumanalyse: Vergleich der Sequenzen verschiedener Organismen, Konstruktion eines gemeinsamen evolutionären Stammbaumes.