Der Kurs findet in einem Computerraum statt, in dem jeder Arbeitsplatz mit einem eigenen Internetzugang und einem modernen Rechner augestattet ist. Die Kursteilnehmer können eigene Sequenzdaten zur Analyse mitbringen.
Inhaltsangabe in Stichworten
- Allgemein: Mathematische Modelle in der Biologie, probabilistische Modelle, statistische Signifikantmasse etc.
- Proteinstruktur: Grundlagen der Proteinstruktur, Faltung und Klassifikation der Faltungsmotive, Strukturvergleiche.
- String Algorithmen: Sequenzvergleiche
- Vergleich mit zwei oder mehreren Sequenzen: Globale und lokale Vergleichsalgorithmen, Datenbanksuche, Verfahren des Mehrfachsequenzvergleichs.
- Vergleich von Genen und Genomen: Berechnung evolutionärer Abstände zwischen Genen und Genomen, Suche nach ähnlichen Sequenzen bei verwandten Organismen, Identifizierung konvertierter Sequenzbereiche, Berechnung evolutionärer Stammbäume, Vergleich von verschiedenen Stammbäumen.
- Aufbau der großen biologischen Datenbanken: Indizierung großer Datenmengen, Vergleich der vorhandenen Datenbanken.
- Methoden des Protein-Liganden-Docking
- Vorhersage von RNA-Sekundärstrukturen
- Dreidimensionaler Mustervergleich von Proteinstrukturen
- Genomkartierung
